こくりつけんきゅうかいはつほうじんのうぎょう・しょくひんさんぎょうぎじゅつそうごうけんきゅうきこうのきそてきけんきゅうぎょうむにかかるざいむおよびかいけいにかんするしょうれい
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令
平成15年財務省・農林水産省令第3号
独立行政法人通則法（平成11年法律第103号）第37条、第38条第1項及び第4項、第48条第1項並びに第50条並びに独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法施行令（平成15年政令第389号）第3条第2項の規定に基づき、独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構の民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令を次のように定める。
（通則法第8条第3項の主務省令で定める重要な財産）
第1条 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）の行う国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成11年法律第192号。以下「研究機構法」という。）第14条第1項第5号及び第6号（第5号に掲げる業務に係る部分に限る。）に掲げる業務並びにこれらに附帯する業務（以下「基礎的研究業務」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第8条第3項の主務省令で定める重要な財産は、その保有するこれらの業務に係る財産であって、その通則法第46条の2第1項若しくは第2項又は第46条の3第1項の認可に係る申請の日（通則法第46条の2第1項ただし書若しくは第2項ただし書又は第46条の3第1項ただし書に規定する場合にあっては、当該財産の処分に関する計画についての通則法第35条の5第1項の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が50万円以上のもの（その性質上通則法第46条の2又は第46条の3の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他農林水産大臣及び財務大臣が定める財産とする。
（企業会計原則）
第2条 基礎的研究業務に係る会計については、この省令の定めるところにより、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
2 金融庁組織令（平成10年政令第392号）第24条第1項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。
3 平成11年4月27日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第1項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
（勘定区分等）
第3条 研究機構法第15条の規定により経理を区分して整理する場合において、一の勘定において整理すべき事項が他の勘定において整理すべき事項と共通の事項であるため当該一の勘定に係る部分を区分して整理することが困難なときは、当該事項については、研究機構が農林水産大臣及び財務大臣の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して整理し、当該事業年度の末日現在において各勘定に配分することにより整理することができる。
（償却資産の指定等）
第4条 農林水産大臣及び財務大臣は、研究機構が基礎的研究業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
2 前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。
（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）
第5条 農林水産大臣及び財務大臣は、研究機構が通則法第46条の2第2項又は第46条の3第3項の規定に基づいて行う基礎的研究業務に係る不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。
（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）
第6条 農林水産大臣及び財務大臣は、研究機構が基礎的研究業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。
（財務諸表）
第7条 基礎的研究業務に係る通則法第38条第1項の主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書並びに連結貸借対照表、連結損益計算書、連結キャッシュ・フロー計算書、連結剰余金計算書及び連結附属明細書とする。
（事業報告書の作成）
第8条 基礎的研究業務に係る通則法第38条第2項の規定による事業報告書の作成については、この条の定めるところによる。
2 事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一 研究機構の目的及び業務内容
二 国の政策における研究機構の位置付け及び役割
三 中長期目標の概要
四 理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五 中長期計画及び年度計画の概要
六 持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七 業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八 業績の適正な評価に資する情報
九 業務の成果及び当該業務に要した資源
十 予算及び決算の概要
十一 財務諸表（通則法第38条第1項に規定する財務諸表をいう。以下同じ。）の要約
十二 財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三 内部統制の運用状況
十四 研究機構に関する基礎的な情報
（財務諸表等の閲覧期間）
第9条 基礎的研究業務に係る通則法第38条第3項の主務省令で定める期間は、5年とする。
（会計監査報告の作成）
第10条 基礎的研究業務に係る通則法第39条第1項の規定による会計監査報告の作成については、この条の定めるところによる。
2 会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
一 研究機構の役員（監事を除く。）及び職員
二 その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
3 会計監査人は、通則法第38条第1項に規定する財務諸表並びに事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。
一 会計監査人の監査の方法及びその内容
二 財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が研究機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項
イ 無限定適正意見 監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、研究機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨
ロ 除外事項を付した限定付適正意見 監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、研究機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ 不適正意見 監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三 前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四 追記情報
五 前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
六 会計監査報告を作成した日
4 前項第4号に掲げる追記情報とは、次に掲げる事項その他の事項のうち会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項をいう。
一 正当な理由による会計方針の変更
二 重要な偶発事象
三 重要な後発事象
（借入金の認可の申請）
第11条 研究機構は、通則法第45条第1項ただし書の規定により基礎的研究業務に係る短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第2項ただし書の規定により基礎的研究業務に係る短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一 借入れを必要とする理由
二 借入金の額
三 借入先
四 借入金の利率
五 借入金の償還の方法及び期限
六 利息の支払の方法及び期限
七 その他必要な事項
（不要財産に係る民間等出資の払戻しの認可の申請）
第12条 研究機構は、通則法第46条の3第1項の規定により、基礎的研究業務に係る民間等出資に係る不要財産（同項に規定する民間等出資に係る不要財産をいう。以下同じ。）について、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資者（以下単に「出資者」という。）に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告することについて認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一 民間等出資に係る不要財産の内容
二 不要財産であると認められる理由
三 当該不要財産の取得の日及び申請の日における不要財産の帳簿価額（現金及び預金にあっては、取得の日及び申請の日におけるその額）
四 当該不要財産の取得に係る出資の内容（出資者が複数ある場合にあっては、出資者ごとの当該不要財産の取得の日における帳簿価額に占める出資額の割合を含む。）
五 催告の内容
六 当該不要財産により払戻しをする場合には、当該不要財産の評価額
七 通則法第46条の3第3項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合には、当該不要財産の譲渡によって得られる収入の見込額並びに譲渡に要する費用の費目、費目ごとの見込額及びその合計額
八 前号の場合における譲渡の方法
九 第7号の場合における譲渡の予定時期
十 その他必要な事項
2 農林水産大臣及び財務大臣は、前項の規定による申請に係る払戻しの方法が通則法第46条の3第3項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額による払戻しである場合において、同条第1項の規定による認可をしたときは、次に掲げる事項を研究機構に通知するものとする。
一 通則法第46条の3第1項の規定により当該不要財産に係る出資額として農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分
二 通則法第46条の3第3項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをする場合における当該払戻しの見込額
（中長期計画に定めた不要財産の払戻しの催告に係る通知）
第13条 研究機構は、通則法第44条第3項に規定する中長期計画において通則法第35条の5第2項第5号の計画を定めた場合において、通則法第46条の3第1項の規定により、基礎的研究業務に係る民間等出資に係る不要財産について、出資者に対し当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告しようとするときは、前条第1項各号に掲げる事項を農林水産大臣及び財務大臣に通知しなければならない。
2 農林水産大臣及び財務大臣は、前項の規定による通知を受けたときは、遅滞なく、財務大臣にその旨を通知するものとする。
（催告の方法）
第14条 基礎的研究業務に係る通則法第46条の3第1項の主務省令で定める催告の方法は、次に掲げる事項を記載した書面の提出又は当該事項の電磁的方法（電子的方法、磁気的方法その他人の知覚によっては認識することができない方法をいう。）による提供とする。
一 民間等出資に係る不要財産の内容
二 通則法第46条の3第1項の規定に基づき当該不要財産に係る出資額として農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨
三 通則法第46条の3第1項の規定による払戻しについて、次に掲げる方法のうちいずれの方法によるかの別
イ 当該不要財産の払戻しをすること。
ロ 通則法第46条の3第3項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額により払戻しをすること。
四 当該払戻しを行う予定時期
五 第3号ロの方法による払戻しの場合における当該払戻しの見込額
2 前項の規定により催告するに際し、当該不要財産の評価額が当該不要財産の帳簿価額を超えることその他の事情があるため、払戻しの方法が同項第3号イの方法により難い場合には、その旨を当該催告の相手方に対し、通知するものとする。
（民間等出資に係る不要財産の譲渡の報告等）
第15条 研究機構は、通則法第46条の3第3項の規定により基礎的研究業務に係る民間等出資に係る不要財産の譲渡を行ったときは、遅滞なく、次に掲げる事項を記載した報告書を農林水産大臣及び財務大臣に提出するものとする。
一 当該不要財産の内容
二 譲渡によって得られた収入の額
三 譲渡に要した費用の費目、費目ごとの金額及びその合計額
四 譲渡した時期
五 通則法第46条の3第2項の規定により払戻しを請求された持分の額
2 前項の報告書には、同項各号に掲げる事項を証する書類を添付するものとする。
3 農林水産大臣及び財務大臣は、第1項の報告書の提出を受けたときは、通則法第46条の3第3項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める基準により算定した金額（当該算定した金額が第1項第5号の持分の額に満たない場合にあっては、当該持分のうち同条第3項の規定により農林水産大臣及び財務大臣が定める額の持分を含む。）を研究機構に通知するものとする。
4 研究機構は、前項の規定による通知を受けたときは、遅滞なく、同項の規定により通知された金額により、第1項第5号の持分（当該通知された金額が当該持分の額に満たない場合にあっては、前項の規定により農林水産大臣及び財務大臣から通知された額の持分）を、当該請求をした出資者に払い戻すものとする。
（資本金の減少の報告）
第16条 研究機構は、通則法第46条の3第4項の規定により基礎的研究業務に係る資本金を減少したときは、遅滞なく、その旨を農林水産大臣及び財務大臣に報告するものとする。
（通則法第48条の主務省令で定める重要な財産）
第17条 基礎的研究業務に係る通則法第48条の主務省令で定める重要な財産は、土地及び建物並びに農林水産大臣及び財務大臣が指定するその他の財産とする。
（通則法第48条の主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）
第18条 研究機構は、通則法第48条の規定により基礎的研究業務に係る重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を農林水産大臣及び財務大臣に提出しなければならない。
一 処分等の種類並びに当該処分等に係る財産の内容及び評価額
二 処分等の条件
三 処分等の方法
四 研究機構の業務運営上支障がない旨及びその理由
（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）
第19条 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法施行令（平成15年政令第389号。以下「施行令」という。）第2条第2項の農林水産省令・財務省令で定める書類は、次に掲げるものとする。
一 施行令第2条第1項に規定する期間最後の事業年度（次号において「期間最後の事業年度」という。）の事業年度末の貸借対照表
二 期間最後の事業年度の損益計算書
三 承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類
附則
（施行期日）
1 この省令は、平成15年10月1日から施行する。
（経過措置）
2 独立行政法人農業技術研究機構法の一部を改正する法律（平成14年法律第129号。以下「改正法」という。）附則第4条第1項の規定により生物系特定産業技術研究推進機構から研究機構が承継する民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る資産のうち償却資産については、第3条第1項の指定を受けたものとみなして、同条第2項の規定を適用する。
3 改正法附則第4条第1項の規定により解散した生物系特定産業技術研究推進機構の生物系特定産業技術研究推進機構の事業計画書に記載すべき事項を定める省令等を廃止する省令（平成15年財務省・農林水産省令第1号）の規定による廃止前の生物系特定産業技術研究推進機構の民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令（昭和61年大蔵省・農林水産省令第4号。以下「旧省令」という。）第1条に規定する民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る勘定（以下「旧勘定」という。）に属する資産及び負債の研究機構の民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る勘定（以下「新勘定」という。）への帰属については、改正法の施行時において、旧省令第18条の会計規程で規定する旧勘定の各勘定科目に属する資産及び負債をそれぞれ相当する通則法第49条の会計規程で規定する新勘定の各勘定科目に帰属させるものとする。
附則 （平成15年10月24日財務省・農林水産省令第6号）
この省令は、公布の日から施行する。
附則 （平成18年3月31日財務省・農林水産省令第2号） 抄
（施行期日）
第1条 この省令は、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）の施行の日（平成18年4月1日）から施行する。
（特例業務に関する独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令の規定の準用）
第3条 第2条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令第1条、第2条、第5条、第7条から第9条まで及び第17条の規定は、研究機構の行う整備法附則第13条第4項に規定する特例業務について準用する。
（勘定区分等の特例）
第4条 整備法附則第13条第4項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合には、第2条の規定による改正後の独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令第3条中「研究機構法第15条の規定により経理を区分して整理する場合」とあるのは、「研究機構法第15条の規定により経理を区分して整理する場合及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成18年法律第26号）附則第13条第4項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合」とする。
（償還計画の認可の申請に関する経過措置）
第5条 整備法の施行の日前に整備法第1条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法第16条第1項の規定により独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構がした長期借入金の償還計画の認可の申請については、第2条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構の民間研究促進業務及び基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令第7条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条中「研究機構法第17条第1項」とあるのは「独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成18年法律第26号）附則第15条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第1条の規定による改正前の独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構法第17条第1項」と、同条第1号中「当該事業年度における借入見込額並びにその借入先」を「その借入先」とする。
附則 （平成19年3月26日財務省・農林水産省令第1号）
この省令は、公布の日から施行する。
附則 （平成22年11月26日財務省・農林水産省令第1号） 抄
（施行期日）
第1条 この省令は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行の日（平成22年11月27日）から施行する。
附則 （平成27年3月27日財務省・農林水産省令第2号） 抄
（施行期日）
第1条 この省令は、平成27年4月1日から施行する。
（事業報告書に関する経過措置）
第3条 第2条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務及び民間研究促進業務に係る財務及び会計に関する省令第8条第3項の規定は、この省令の施行の日以後に開始する事業年度に係る事業報告書から適用する。
附則 （平成28年3月30日財務省・農林水産省令第1号） 抄
（施行期日）
第1条 この省令は、平成28年4月1日から施行する。
（勘定区分等の特例）
第3条 研究機構が整備法附則第6条第2項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合には、第2条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令（以下「新財務会計省令」という。）第3条中「研究機構法第15条の規定により経理を区分して整理する場合」とあるのは、「研究機構法第15条の規定により経理を区分して整理する場合及び独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成27年法律第70号）附則第6条第2項の規定により特別の勘定を設けて経理を区分して整理する場合」とする。
（特例業務に関する国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令の規定の準用）
第4条 新財務会計省令の規定（前条の規定により読み替えて適用する新財務会計省令第3条の規定を含む。）は、研究機構の行う特例業務について準用する。
附則 （平成31年1月17日財務省・農林水産省令第1号） 抄
（施行期日）
第1条 この省令は、研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部を改正する法律（平成30年法律第94号）の施行の日（平成31年1月17日）から施行する。
（経過措置）
第2条 第1条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の業務運営に関する省令第1条第1号（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成11年法律第192号）第14条第1項第6号に掲げる業務に係る部分に限る。）の規定は、この省令の施行の日から起算して6月間は、適用しない。
附則 （平成31年3月29日財務省・農林水産省令第2号）
（施行期日）
第1条 この省令は、平成31年4月1日から施行する。
（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）
第2条 この省令による改正後の次に掲げる省令の規定は、平成31年4月1日以後に始まる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書から適用し、平成31年3月31日に終わる事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。
一 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の基礎的研究業務に係る財務及び会計に関する省令第7条及び第8条第2項
二 独立行政法人農林漁業信用基金の農業信用保険業務、林業信用保証業務及び漁業信用保険業務に係る財務及び会計に関する省令第10条及び第11条第2項
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